Misi Sekolah Tinggi Teologi Kanaan Nusantara Ungaran adalah:

1. Menyelenggarakan pendidikan Teologi dan Pendidikan Agama Kristen yang kontekstual, profesional, dan berintegritas tingkat Strata 1.
2. Melakukan penelitian mengenai isu-isu Teologi dan Pendidikan Agama Kristen yang dapat diterapkan dalam pelayanan gereja, sekolah dan masyarakat.
3. Mengabdikan hasil pembayaran dan penelitian Teologi dan Pendidikan Agama Kristen melalui pelayanan di gereja, sekolah dan masyarakat.