Tujuan Sekolah Tinggi Teologi Kanaan Nusantara adalah:
- Menghasilkan lulusan yang kompeten di bidangnya, dewasa secara rohani, mampu menerapkan nilai-nilai Kristiani dan bermanfaat bagi gereja, sekolah dan masyarakat.
- Menghasilkan penelitian tentang isu-isu Teologi dan Pendidikan Agama Kristen yang menjawab kebutuhan gereja, sekolah dan masyarakat.
- Melakukan pelayanan yang mendukung kemajuan dan pengembangan gereja, sekolah dan masyarakat.